Secuenciación en gravedad reducida. nivel ag alcanzado (línea negra) y vibración RMS (contenedores de 1 s, línea azul) y lecturas de secuencia asociadas adquiridas durante la primera parábola de «Marte». Cada lectura está representada por una línea horizontal (gris: parcial o completamente en transición; rojo: completamente sin transición) en su puntuación de calidad de lectura representativa, �3̅ 393 (eje derecho). Las bandas grises verticales delimitan las transiciones entre las fases de vuelo. b Resultados BLAST mejor calificados para la lectura «Mars» de la más alta calidad, indicados por una flecha en el panel a, longitud 6402. c Comienzo de la alineación de secuencia de mejor coincidencia, en J02459.1 Enterobacteria fago lambda, genoma completo, longitud 48 502 (rango 20 562- 27.113, puntuación 8907 bits (9877), predicción 0,0, identidades 6108/6651 (92 %), lagunas 395/6651 (5 %), hebra positiva/negativa). d Cobertura genómica lambda media para todas las parábolas según las bases alineadas con tombo.
biorxiv.org
La secuenciación de nanoporos, representada por MinION de Oxford Nanopore Technologies, es una tecnología prometedora para la detección de vida in situ y el monitoreo microbiano, incluso en apoyo de la exploración espacial humana, debido a su pequeño tamaño, su baja masa (∼100 g) y su baja potencia (∼1W).
Ahora omnipresente en la Tierra y demostrado previamente en la Estación Espacial Internacional (ISS), la secuenciación de nanoporos implica la translocación de ADN a través de un nanoporo biológico en escalas de tiempo de milisegundos por base. La secuenciación de nanoporos ahora se realiza en entornos de laboratorio controlados, así como en diversos entornos, incluidos vehículos terrestres, aéreos y espaciales.
Las futuras misiones espaciales también pueden utilizar la secuenciación de nanoporos en entornos de gravedad reducida, como en la búsqueda de vida en Marte (aceleración gravito-inercial relativa a la Tierra (GIA) g=0,378), o en lunas heladas como Europa (g = 0,134 ) o Encelado (g = 0,012).
Confirmamos la capacidad de secuenciar en Marte, así como cerca de Europa o Lunar (g = 0,166) y niveles g más bajos, demostramos la funcionalidad de la química actualizada y los protocolos de secuenciación bajo vuelo parabólico, y revelamos un rendimiento constante a través del nivel g, durante dinámica aceleraciones, y a pesar de la vibración con una potencia significativa en las frecuencias relevantes para la translocación.
Nuestro trabajo fortalece el caso de uso de la secuenciación de nanoporos en entornos dinámicos en la Tierra y en el espacio, incluso en la búsqueda de vida basada en ácidos nucleicos más allá de la Tierra.
Hardware de vuelo minION de la NASA para experimentos en la ISS. Tenga en cuenta que esta carga útil es tan pequeña que la etiqueta de propiedad estándar de la NASA es casi del mismo tamaño que la propia carga útil. Crédito: NASA/Sarah Castro
Christopher E. Carr, Noelle C. Bryan, Kendall N. Saboda, Srinivasa A. Bhattaru, Gary Ruvkun, Maria T. Zuber
Yo: https://doi.org/10.1101/2020.01.09.899716
Ahora publicado en npj Microgravity doi:10.1038/s41526-020-00113-9
PDF https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.09.899716v1.full.pdf
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