Tricorder Tech: monitorización del aire mediante secuenciación de nanoporos

Si bien se sabe que el microbioma del aire y su diversidad son esenciales para la salud humana y la resiliencia de los ecosistemas, la actual falta de monitoreo global de la diversidad microbiana del aire significa que se sabe poco sobre la composición, distribución o efectos funcionales del microbioma del aire.

Aquí mostramos que la secuenciación de nanoporos con escopeta puede evaluar de manera sólida el microbioma del aire en combinación con un muestreo activo de aire por impactación de líquido y un análisis computacional personalizado. Proporcionamos protocolos computacionales y de laboratorio para la elaboración de perfiles de microbioma aéreo y evaluamos de manera confiable la composición taxonómica del microbioma aéreo central en ambientes naturales y controlados.

Basándonos en ensamblajes de novo de lecturas de secuencias largas, identificamos además taxones de varias microbiotas atmosféricas hasta el nivel de especie y anotamos sus funciones ecosistémicas, incluido su papel potencial en los procesos de biodegradación natural.

Dado que el monitoreo del aire mediante secuenciación de nanoporos se puede utilizar de manera automatizada, rápida y portátil para aplicaciones in situ en cualquier parte del mundo, imaginamos que este enfoque puede ayudar a explorar de manera integral el papel del microbioma del aire.

Evaluaciones sólidas del microbioma del aire mediante secuenciación de nanoporos. A. Impacto de líquido y secuenciación de nanoporos configurados en un invernadero (Gh) como ambiente controlado. B. Leer la distribución de longitud mediante secuenciación de nanoporos en muestras de 1 h y 3 Gh. CD. Número total de lecturas de secuenciación y lecturas asignadas al nivel de género y filo taxonómico, así como a los 20 géneros más dominantes utilizando Kraken2 (materiales y métodos) en las muestras C. 1h- y D. 3- Gh; el umbral de submuestreo en las muestras se indica mediante la línea de puntos horizontal. E.F. Composición taxonómica de las muestras E. 1 y F. 3 h después del submuestreo según los 20 géneros más dominantes en las muestras. G. Vigilancia del microbioma aéreo en ambientes naturales (Nat). H. Leer la distribución de longitud mediante secuenciación de nanoporos en muestras Nat de 3 h y 6 h. IJ. Número total de lecturas de secuenciación y lecturas asignadas al nivel de género y filo taxonómico, así como a los 20 géneros más dominantes utilizando Kraken2 en las muestras I. 3h y J. 6-Gh; el umbral de submuestreo en las muestras se indica mediante la línea de puntos horizontal. kl. Composición taxonómica de las muestras de K. 3h y L. 6h después del submuestreo según los 20 géneros más dominantes en las muestras. – biorxiv.org

Monitoreo del aire mediante secuenciación de nanoporos.biorxiv.org

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